przegrane] potyczce został aresztowany w Austrii. Bobrowski uratował sytuację. Nie dysponując pieczątką Rządu, rozkolportował po Warszawie, że Rząd istnieje i powstanie dalej trwa. Bobrowski zginął w potyczce z Grabowskim (członkiem Rządu). Rząd podjął reorganizację administracji prowincjonalnej. Na początku na czele województw stali naczelnicy wojskowi z pełnią władzy. Rozdzielono władzę cywilną od wojskowej. Członkowie Rządu zaczęli dzielić między siebie agendy rządowe. 10 maja 1863 roku Komitet Centralny (Tymczasowy Rząd Narodowy) ogłasza się Rządem Narodowym. Władysław Czartoryski został pełnomocnikiem Rządu Narodowego. W czerwcu 1863 roku w Rządzie nastąpiło kilka przewrotów, jednak w lecie już się uspokoiło.
Bolączką powstania jest brak ścisłej koordynacji działań wojskowych. Rząd działa w Warszawie, nie opanowanej jednak przez powstańców. Aparat centralny w Warszawie obejmuje 100 osób. Podzielono miasto na wydziału, okręgi i sekcje. Utworzono również w Warszawie oddzielny pion wojskowy. Istniała policja, żandarmeria, kontrwywiad, kasa miejska powstańcza (łącznie ponad 2 tys. osób). W sierpniu 1863 roku rząd ogłosił ustawę administracyjną :
5 szczebli urzędowania - wieś, parafie, okręg, powiat, województwo.
Urzędnicy z nominacji
Finanse postania opierały się na podatkach, składkach, pożyczce narodowej, planowano nawet wydruk powstańczych banknotów, rekwizycji.
W październiku 1863 roku po serii „wsyp", które wstrząsnęły Rządem, Dyktaturę obejmuje Romuald Traugutt. Próbował niedziałać jak dyktator - odgrywał rolę rządu jednoosobowego, tytułu dyktatora nie używał. Zreorganizował organizację powstańczą w Warszawie, ujednolicił siły zbrojne. W kwietniu 1864 roku Traugutt został aresztowany, a potem stracony. Bronisław Brzeziński starał się utrzymać powstanie, które upadło w lecie 1864 roku.