Inverse PCR (ITCR) – metoda wykorzystuje koliste cząsteczki DNA (powstałe w wyniku cięcia genomowego DNA enzymami restrykcyjnymi i ligowaniu tych fragmentów przez ligazę DNA pochodzącą z faga T4), które stanowią matrycę w reakcji PCR.

Uzyskane produkty PCR są mniejsze niż odpowiednie produkty hydrolizy ponieważ startery zostały zlokalizowane na końcach 5’ i 3’ sekwencji znanej , która ulega amplifikacji.

PCR-OLA

PCR-CCM

PCR-PTT

RAPD-PCR (Losowa Amplifikacja Polimorficznego DNA)- metoda polega na użyciu jednego, krótkiego, losowego startera. Po zakończniu reakcji i analizie elektroforetycznej otrzymuje się różnej długości prążki będące cechą charakterystyczną danego osobnika (fingerprinting).Niestety przez niską temperaturę łączenia starterów(konieczne by uzyskać wystarczającą ilość produktów) metoda ma niską powtarzalność a wynik zależy od wielu trudnych do określenia czynników (np.niewielkie wahania temperatury, użyte odczynniki, czas nagrzewania /chłodzenia).

REP-PCR (Repetitive sequence – based PCR) – jest to PCR z wykorzystaniem sekwencji repetytywnych. Metoda polega na wykorzystaniu w reakcji PCR starterów komplementarnych do sekwencji repetytywnych występujących w genomie.Produkty reakcji rozdzielane są na drodze elektroforezy w żelu agarozowym, tworząc swoisty wzór prążków, charakterystyczny dla danego szczepu bakterii.Metoda ma wysoką powtarzalność i ze względu na niski koszt i krótki czas, w porównaniu np. do reakcji Rea-PFGE może być stosowana do badania stopnia pokrewieństwa dużej liczby szczepów.Najczęściej stosowane są startery komplementarne do rodziny sekwencji BOX i ERIC.

Amplifikacja sekwencji RNA jest często szybsza i wydajniejsza niż amplifikacja DNA.Ograniczenia metody amplifikacji RNA dotyczą zabezpieczenia matrycy przed działaniem nukleaz i dobrego oczyszczenia matrycy.Amplifikację RNA w zestawach diagnostycznych oferuje m.in. firma Organon Teknika (NucliSens Basic Kit).

NASBA (Nucleic Acid Sequence Based Amplification) – metoda amplifikacji kwasów nukleinowych umożliwiająca uzyskanie wielu kopii RNA na matrycyn RNA lub DNA.Do amplifikacji jednoniciowych RNA (ale też dwuniciowych DNA) stosuje się 3 enzymy ,najczęściej:

- odwrotna transkryptaza AMV-RT

- polimeraza RNA T7

- RNaza H

NASBA to metoda izotermiczna (nie jest potrzebny amplifikator).Metoda ta została opracowana wstępnie do wykrywania wirusów DNA. Zakres zastosowania rozszerzono o wykrywanie wirusów RNA i retrowirusów , wykrywanie żywych patogenów, monitorowanie proliferacji komórek nowotworowych i inne.

Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA

Kontrola transkrypcji to ważny czynnik w regulacji ekspresji genu. Poziom transkrypcji różnych genów w komórce zmienia się w czasie rozwoju komórki, jej różnicowania i pełnionych przez nią funkcji fizjologicznych.Zmiany w poziomie ekspresji danego genu mogą się także w stanach chorobowych.

Poziom mRNA (transkryptów kodujących polipeptydy )można analizować metodami:

- Northem blot

- protekcji nukleazą

- hybrydyzacji dot /slot blot

- hybrydyzacji in situ

- RT-PCR