Zjawiska remodelingu chromatyny - remodeling nukleosomu, przemieszczanie (poślizg), transfer. Enzymy wpływające na stopień upakowania chromatyny poprzez zmianę oddziaływań –Acetylotransferazy. HDAC-grupa enzymów zwanych deacetylazami, które usuwają grupy acetylowe z ogonków histonowych znosząc efekt aktywacji transkrypcji. Heterochromatyna konstytutywna- występuje stale w komórkach, w jej skład wchodzi DNA nie zawierające żadnych genów, przez to może zawsze zachowywać zwartą strukturę. Piętnowanie genomowe- cecha polegająca na tym, że w jądrze diploidalnym ulega ekspresji tylko jeden gen z pary genów na chromosomach homologicznych, ekspresja drugiego genu jest wyciszana na skutek metylacji. W kom bakt. DNA upakowany jest w : strukturach nukleoidu zawierające gryrazę DNA i tropoizomerazę DNA. Modyfikacja DNA determinująca ekspresje genu to metylacja , przeprowadzana przez metylotransferazy. Warianty histonów - H2AZ, H2A.X, H2A. Dziedziczenie zmiany genomu niezależne od zmian z sekwencji DNA: epigenetyczne. MNaza to endonukleaza, organizm Steptococcus aureus, kofaktor Ca2+, zahamowanie przez EDTA. Kolejność od najmniejszego - H4, H2A, H2B, H3, H1. H3K4me2- dimetylacja lizyny znajdującej się w pozycji 4 w histonie H3. Rozdział białek - Chromatografia jonowymienna. Kinaza PKC - Seryny lub treoniny. Aktywacja kinazy PKC – aktywacja przez cAMP, przez użycie trypsyny i użycie cGMP. Radioizotop - 32P. Aktywatorem kinazy CK2 jest polilizyna i heparyna , a ihibitorem TCA. Wykrywanie aktywności inwertazy z wykorzystaniem chlorku tetrazolu – aktywność wykrywa się w żelu poliakrylamidowym z wykorzystaniem elektroforezy SDS-PAGE. Próbki enzymu poddaje się elektroforezie następnie inkubuje z roztworem sacharozy, która jest substratem dla inwertazy. Po zakończeniu inkubacji , żel inkubuje się z chlorkiem tetrazolu, który jest induktorem w środowisku. Transfekcja stabilna (DNA integruje z genomem gospodarza) i przejściowa (DNA nieintegruje). Metody wprowadzania genów do komórek ssaczych, klasyfikacja: fizyczne (elektroporacja, mikroiniekcja dojądrowa, bombardowanie mikrocząsteczkami), chemiczne (przy użyciu fosforanu wapnia, w obecności DEAE-dekstranu), biologiczne (przy użyciu wektorów wirusowych, drożdżowych). Inhibitory biogenezy rybosomów – aktynomycyna D i leptomycyna B.

fizyczne (elektroporacja, mikroiniekcja dojądrowa, bombardowanie mikrocząsteczkami) Transfekcja stabilna – wykorzystwane są wektory linearne, DNA integruje z genomem gospodarza. Przejściowa – wektory koliste, gdy DNA nie ulegnie integracji, ekspresja genu zostanie zgubiona w miarę podziałów komórkowych. Enzymy wykorzystywane do otrzymania sferoplastów drożdżowych to najczęściej litykaza (z Arthrobacterluteus) lub glukulaza(ze ślimaka), hydrolizujące wiązanie β-1,3-glikozydowe występujące w glukanie ściany komórkowej. Substraty reakcji PCR – startery, matryca, polimeraza DNA. Nukleosom – jednostka stukturalna chromatyny, zawiera 8 cząsteczek białek histonowych po dwa histony H2A, H2B, H3 i H4. Euchromatyna – obszary DNA chromosowego zawierające aktywne geny , które są dużo słabiej upakowane co umożliwia dostęp białkom biorącym udział w ekspresji. Kod histonowy –hipoteza ta zakłada, że istnieją pewne określone wzory modyfikacji histonów odpowiedzialne za zachodzenie konkretnych procesów w komórce. Pseudogeny to: geny, które uległy inaktywacji, gdyż ich sekwencja nukleotydowa została zmieniona przez mutację. Jednym ze sposobów aktywacji genomu jest acetylacja histonów, przeprowadzana przez enzymy określane skrótem HAT. Modyfikacja DNA determinująca represję ekspresji genu to metylacja, przeprowadzana przez Dnmt1. Najbardziej konserwatywny histon, nie posiadający wariantów to: H4. Oddysocjowanie poszczególnych histonów od chromatyny jest funkcją stężenia soli. Przy najniższym stężeniu usuwany jest histon: H1. Krótko opisz jeden z modeli obrazujących regulację chromatyny w czasie inicjacji transkrypcji – Acetylacja – przyłączenie grupy acetylowej do lizyn w N-końcowym fragmencie każdego histonu rdzeniowego , które zmniejsza ich powinowactwo do DNA i powoduje rozluźnienie struktury chromatyny i zwiększenie ekspresji genów. Najkrótsze fragmenty, które można otrzymać trawiąc DNA tym enzymem mają długość 150 nukleotydów. Histony należące do klasy lizynowych. H1, H2A, H2B. H2BUb1- monoubikwitynacja histonu H2B.