1. Plazmowy rezonans powierzchniowy - jaki cel BIAcore?
Technoogia plazmowego rezonansu plazmowego pozwala na detekcje, czyli wykrywanie w realnym czasie i monitorowanie oddziaływań międzycząsteczkowych i dostarcza informacji o:
- specyficzności - jak specyficzne jest oddziaływanie między cząsteczkami
- stężeniu - jak dużo danych cząsteczek jest obecnych i cz są aktywne?
- kinetyki -asocjacja, czyli łączenie się cząsteczek w większe zespoły; dysocjacja-samorzutny rozpad cząsteczek na jony podczas rozpuszczania
- powinowactwa - jak silne jest wiązanie
2. Cechy BIAcore:
- nieznakowane cząsteczki
- pokazuje oddziaływania w czasie rzeczywistym
- unikalna i wysoka jakość analizy oddziaływań międzycząsteczkowych
- prosty projekt badań
- szeroki zakres i duża powtarzalność
- pełna automatyzacja
- pokazuje wiązanie cząsteczek jako zmiany w masie na powierzchni sensora
- dostarcza informacji o relacji pomiędzy struktura, a aktywnością
- mierzy realną kinetykę w czasie
- potrzebna jest niewielka ilość próbki
- mierzy aktywne stężenie
- daje analizę jakościową oddziaływań
3. Co to jest sensor?
Sensor (czujnik) składa się z powierzchni szklanej pokrytej warstwą złota. Jest to podstawowa forma sensora, któran może być modyfikowana w celu optymalizacji wiązań różnych cząsteczek. Najczęściej powierzchnia złota modyfikowana jest warstwą dekstranu. Warstwa dekstranu stanowi środowisko hydrofilowe dla przymocowujących się cząsteczek, zachowuje je w nie zdenaturowanym stanie.
Analiza oddziaływań pomiędzy cząsteczkami uzależniona jest od immobilizowanych cząsteczek do powierzchni sensora.
W celu identyfikacji oddziaływań między cząsteczkami można używać mieszaniny makrocząsteczek bez wcześniejszego oczyszczania np. materiału klinicznego, media komórkowe.Można badać oddziaływania pomiędzy białkami, kwasami nukleinowymi, lipidami, węglowodanami czy nawet całymi komórkami.
4. Definicja ligandu i analitu.
LIGAND- cząsteczka przymocowana do powierzchni sensora. Może być immobilizowany bezpośrednio do powierzchni sensora lub pośrednio przez inne cząsteczki.
ANALIT- cząsteczki przepływające i zawieszone w roztworze.
5. BIAcore w Proteomice.
- metoda szybka, prosta i kompatybilna z innymi biologicznymi metodami
- monitorowanie wiązań natywnych białek z mieszaniny czy oczyszczonych próbek
- detekcja nawet bardzo niskiego powinowactwa oddziaływań
- odzyskanie próbki do analizy w spektrometrze masowym i identyfikacja
- porównanie danych z innymi technikami
- dostarcza funkcjonalnych danych
- bada strukturę aktywności
6. Zalety i Wady BIAcore.
Zalety systemu BIAcore:
- możliwośc obserwacji reakcji molekularnych w rzeczywistym czasie bez konieczności używania jakichkolwiek znaczników,
- powtórne wykorzystanie próbki do:
* ponownej injekcji
* dalszej analizy innymi metodami np.: Sekwencjonowania SM., Elektroforezy.
- możliwość regeneracji układu i wielokrotnych powtórzeń eksperymentu.
Wady i ograniczenia systemu BIAcore:
- masa badanych substancji > 200 Da.
- zasięg zjawiska SPR od powierzchni sensora < 300 nm.
- wystepowanie oddziaływań pomiędzy dekstranem, a badaną substancją ( nie wszystkie typy sensorów)
- objętość martwa ( 20ul )
- ograniczenia substancji chemicznych ( bezpieczeństwo i trwałość urzązenia ).
7. Jakie oddziaływania analizujemy przy użyciu BIAcore?
Przy użyciu BIAcore można badać oddziaływania pomiędzy białkami, kwasami nukleinowymi, lipidani, węglowodanami, a nawet całymi komórkami.
Pzykłady analiz za pomocą BIA core:
*Detekcja ekspresji receptora BMP w E. Coli.
*Kinetyczne efekty zmian w domenie Z Białka A.