W przypadkach wątpliwych wykonuje się z morfologicznie różnych kolonii preparaty mikroskopowe barwione metodą Grama, które ogląda się pod mikroskopem, stosując obiektyw immersyjny.
Choć drobnoustroje powodujące psucie się owoców i warzyw nie mają znaczenia z punktu widzenia oceny higienicznej (wyjątek stanowią pleśnie, które rozwijając się na owocach i warzywach mogą wytwarzać substancje toksyczne), warzywa i owoce często są przenośnikami drobnoustrojów chorobotwórczych dla ludzi. Toteż ciekawe może być badanie obecności drobnoustrojów chorobotwórczych, zwłaszcza jeśli warzywa pochodzą z pól nawożonych ściekami. Badania takie powinny dotyczyć przede wszystkim bakterii jelitowych ( Salmonella, Shigella, Escherichia coli, Clostridium perfringens). Celowe jest oznaczenie miana coli jako wskaźnika zanieczyszczenia kałowego.
Ponieważ w niektórych owocach i warzywach (zwłaszcza w pomidorach), często występują Pseudomonas aeruginosa w uzasadnionych przypadkach celowe może być ilościowe badanie w kierunku tej pałeczki.
• Warzywa i owoce mrożone
Przy badaniu zamrożonych owoców i warzyw oznacza się ogólną liczbę drobnoustrojów tlenowych, posiewając na podłoże agarowe z ekstraktem drożdżowym i glukozę. Posiewy hoduje się przynajmniej 3 dni w temp. 30°C lub 2 dni w temp. 25°C i 2 dni w temp. 37° C.
Oznacza się miano lub z wymagań FAO najbardziej prawdopodobną liczbę pałeczek z grupy coli, posiewając na podłoże z zielenią, oraz miano Escherichia coli.
Warzywa mrożone niedostatecznie umyte mogą zawierać pałeczki Salmonella. Przy badaniu na obecność pałeczek Salmonella należy posiewać 25 g próby do 225 ml i stosować przednamnażanie.