na zapytanie Kołaczkowskiego o terminie wysadzenia mostu odpowiedział:
— Broń Boże! My cofamy się na skutek zawartej kapitulacji, która stanowi oddanie Pragi i mostu na Wiśle wojsku rosyjskiemu. Idziemy do Modlina, a stąd etapami do Płocka. Każ pan zebrać saperów i udaj się z nimi do Modlina...
W akcie kapitulacji stwierdzono, że car zatrzymuje władzę nad Królestwem, że będzie przestrzegać konstytucji, a powstańcy skorzystają z amnestii. Wojsko polskie miało opuścić Warszawę i Pragę nie niszcząc mostu,
Kołaczkowski został wezwany na radę wojenną do komendanta Pragi. Obecni na niej byli Małachowski, Rybiński, Umiński, Lewiński, Bonawentura Niemojowski i inni.
— Co wypada czynić w teraźniejszych okolicznościach? — miał zapytać nowy prezes rządu, Niemojowski.
Uczestnicy rady wojennej doszli do wniosku, że należy udać się do twierdzy modlińskiej, gdzie wygłodniały i wycieńczony walką żołnierz nabierze sił. Później można będzie ewentualnie przenieść działania wojenne na lewy brzeg Wisły. Niektórzy proponowali połączyć się z wojskiem generała Ramoriny.
Kołaczkowski — choć służbista — nie potrafił pogodzić się z faktem oddania Warszawy. Opowiadał się za spaleniem mostu, za zerwaniem układów.
Gdy już dawno minęły lata wojskowej służby i gdy Kołaczkowski do końca jego dni zajmował się tylko gospodarstwem rolnym, ciążyły na jego świadomości nie klęski napoleońskie, których był świadkiem, nie fatalnie prowadzone bitwy pod Ostrołęką, w Lubelskiem i Siedleckiem, lecz właśnie rokowania kapitulacyjne z 7 września 1831 roku. Uważał je do końca życia za haniebne, niegodne Polaka, niegodne żołnierza. Odmienne natomiast stanowisko zajął generał Ignacy Prądzyński, uznający kapitulację za najsłuszniejsze w tamtej chwili rozwiązanie.
Kołaczkowski pożegnał się ze swym przyjacielem przy moście, po czym opuścił Warszawę z zamiarem prowadzenia dalszej walki, Prądzyński zaś został, by oddać się w ręce wielkiego księcia Michała. Dla obydwu, dla rzeszy powstańców były to chwile najtrudniejsze w życiu.
8 września 1831 roku Kołaczkowski wraz z armią podążył w kierunku Jabłonny. Kazimierz Małachowski skierował do generała Ramoriny polecenie stawienia się w Modlinie. Kołaczkowski otrzymał rozkaz przygotowania twierdzy na przybycie wojska. „Po drodze spotkałem pana Joachima Lelewela, idącego pieszo z zawiniątkiem w ręku; prosiłem, aby wsiadł na moją bryczkę, lecz mąż ten odmówił i poszedł dalej”. Wieczorem tego samego dnia Klemens Kołaczkowski stanął w twierdzy, w której kiedyś uczył się saperskiego rzemiosła.
Niektórym wydawało się jeszcze, że wojsko polskie nie powiedziało ostatniego słowa.