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ensemble de 12361 marąueurs. Sur le chromosome 19, les donnees des genotypes ne sont pas utilisables telles ąuelles : un contróle ąuaiitć de ces donnees est necessaire avant de les analyser pour minimiser 1’impact des erreurs de gśnotypages¹ sur les analyses d’association.

Pour le contróle de ąualite des SNPs, nous avons appliąuś les seuils suivants :

—    les marąueurs ayant des donnśes manąuantes doivent etre exclus de 1’etude;

—    les marąueurs ayant une freąuence allśliąue inferieure a 1% doivent etre sup-primes, parce que la puissance de detecter cette association est faible;

—    1’eąuilibre d’Hardy-Weinberg par marąueur doit etre respectć. Lors du test d’adequation a la loi d’Hardy-Weinberg, tous les marąueurs ąui ont une p-valeur inferieure a 1 x E~6 (seuil de correction de Bonferroni) doivent etre ecartes;

—    les marąueurs en deseąuilibre de liaison (r² > 0.8) sont exclus, ou r² designe la correlation entre une paire de SNPs.

Au total, nous avons supprime 2371 SNPs a cause des valeurs manąuantes et 2672 a cause du deseąuilibre de liaison. Tous les gćnotypes ont ete trouves en eąuilibre de Hardy-Weinberg et evalues en utilisant un test Khi-deux standard. Ce contróle de ąualite a ete realise a 1’aide du logiciel R. Seuls les sujets qui ont des informations completes sur les marąueurs et les phenotypes sont inclus dans notre analyse. Ainsi, toutes les analyses des sections suivantes ont ete basśes sur 7318 SNPs et 416 sujets qui ont des donnees completes pour les variantes et les 96 phenotypes.

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Erreurs de genotypages sont les erreurs de classification qui afFectent les genotypes (Guedj, 2007 page-32).