Pierwszy klasztor, nazywany Cluny I, został konsekrowany w 927 r. Szybko okazał się zbyt mały. Już ok. 955 późniejszy Mayeul rozpoczął budowę nowego kościoła, który poświęcono w 981, chociaż prace związane z budową nowego klasztoru trwały do ok. 1045. Na początku XI wieku kościół przykryto sklepieniem kolebkowym a od zachodu zbudowano znacznych rozmiarów narteks. Wschodnia część kościoła posiadała wydłużone prezbiterium zakończone absydą. Po jego obu stronach umieszczono krótsze od niego prostokątne pomieszczenia połączone z prezbiterium potrójnymi arkadami. Od strony wschodniej zamykały je niewielkie kaplice zakończone półkolistymi absydami. Pomieszczenia utworzyły obejście pozwalające na odbywanie procesji. Do ich dłuższych boków, od strony zewnętrznej, przylegały kolejne kaplice dostępne z obejścia i transeptu. Schodkowy układ pomieszczeń kończyły niewielkie absydy otwarte do boku transeptu. Rozwiązanie to było często powielane w kościołach romańskich a wschodnia część kościoła stałą się jego najważniejszym elementem. W końcowym etapie budowy Cluny II wirydarz został otoczony krużgankami.
Szybko powiększająca się społeczność Cluny wymagała coraz większych budynków. Trzeci z kolei i ostatni kościół w Cluny, budowany w latach 1088-1135 z inicjatywy opata Hugona, był największym kościołem w Europie przed budową bazyliki św. Piotra w Rzymie. Kampania budowlana była finansowana przez Ferdynanda I Wielkiego, króla Kastylii i Leon, między 1053 i 1065 i przez Alfonsa VI. O rozmachu podjętych prac świadczy tempo ich pzreprowadzenia. W 1095 papież Urban II konsekrował pięć ołtarzy w obejściu nowego prezbiterium, w 1100 ukończono dwie nawy poprzeczne, sklepienia powstały przed 1121 a w 1130 papież Innocenty II poświęcił kościółi klasztor. W plan zbudowanego na północ od wcześniejszego kościoła włączono fragmenty Cluny II.
Kościół w Cluny był wielką, 5-nawową bazyliką z dwoma transeptami i prezbiterium z ambitem i kaplicami promienistymi. Nad ramionami transeptu zachodniego, a także nad jego skrzyżowaniem z nawą główną wznosiły się wieże. Od zachodu znajdował się 5-przęsłowy narteks poprzedzony wieżami. Niektóre elementy architektury kościoła zapowiadały już styl gotycki (nawa główna sklepiona ostrołukową kolebką, ostrołukowe były również arkady międzynawowe; około 1130 roku po zawaleniu się sklepień dodano łuki przyporowe przy nawie głównej). O wielkości budowli daje pojęcie zachowane jedno ramię transeptu z wieżą. Całkowita długość kościoła sięgała ok. 190,0 m a szerokość korpusu 40,0 m. Wnętrze było bogato dekorowane - zachowało się kilka kapiteli z dekoracją figuralną (m.in. personifikacje tonów muzycznych chorału gregoriańskiego), będących arcydziełami rzeźby romańskiej. Głównym architektem Cluny III był zakonnik Gunzo a jego pomocnikiem Hèzelon (Gunzo był muzykiem a Hèzelon nazywany był matematykiem). Kościół ten wywarł ogromny wpływ na architekturę romańską, szczególnie w Burgundii (Paray-le-Monial, Autun) i w Niemczech.
Pierwszy klasztor, nazywany Cluny I, został konsekrowany w 927 r. Szybko okazał się zbyt mały. Już ok. 955 późniejszy Mayeul rozpoczął budowę nowego kościoła, który poświęcono w 981, chociaż prace związane z budową nowego klasztoru trwały do ok. 1045. Na początku XI wieku kościół przykryto sklepieniem kolebkowym a od zachodu zbudowano znacznych rozmiarów narteks. Wschodnia część kościoła posiadała wydłużone prezbiterium zakończone absydą. Po jego obu stronach umieszczono krótsze od niego prostokątne pomieszczenia połączone z prezbiterium potrójnymi arkadami. Od strony wschodniej zamykały je niewielkie kaplice zakończone półkolistymi absydami. Pomieszczenia utworzyły obejście pozwalające na odbywanie procesji. Do ich dłuższych boków, od strony zewnętrznej, przylegały kolejne kaplice dostępne z obejścia i transeptu. Schodkowy układ pomieszczeń kończyły niewielkie absydy otwarte do boku transeptu. Rozwiązanie to było często powielane w kościołach romańskich a wschodnia część kościoła stałą się jego najważniejszym elementem. W końcowym etapie budowy Cluny II wirydarz został otoczony krużgankami.
Szybko powiększająca się społeczność Cluny wymagała coraz większych budynków. Trzeci z kolei i ostatni kościół w Cluny, budowany w latach 1088-1135 z inicjatywy opata Hugona, był największym kościołem w Europie przed budową bazyliki św. Piotra w Rzymie. Kampania budowlana była finansowana przez Ferdynanda I Wielkiego, króla Kastylii i Leon, między 1053 i 1065 i przez Alfonsa VI. O rozmachu podjętych prac świadczy tempo ich przeprowadzenia. W 1095 papież Urban II konsekrował pięć ołtarzy w obejściu nowego prezbiterium, w 1100 ukończono dwie nawy poprzeczne, sklepienia powstały przed 1121 a w 1130 papież Innocenty II poświęcił kościół i klasztor. W plan zbudowanego na północ od wcześniejszego kościoła włączono fragmenty Cluny II.
Kościół w Cluny był wielką, 5-nawową bazyliką z dwoma transeptami i prezbiterium z ambitem i kaplicami promienistymi. Nad ramionami transeptu zachodniego, a także nad jego skrzyżowaniem z nawą główną wznosiły się wieże. Od zachodu znajdował się 5-przęsłowy narteks poprzedzony wieżami. Niektóre elementy architektury kościoła zapowiadały już styl gotycki (nawa główna sklepiona ostrołukową kolebką, ostrołukowe były również arkady międzynawowe; około 1130 roku po zawaleniu się sklepień dodano łuki przyporowe przy nawie głównej). O wielkości budowli daje pojęcie zachowane jedno ramię transeptu z wieżą. Całkowita długość kościoła sięgała ok. 190,0 m a szerokość korpusu 40,0 m. Wnętrze było bogato dekorowane - zachowało się kilka kapiteli z dekoracją figuralną (m.in. personifikacje tonów muzycznych chorału gregoriańskiego), będących arcydziełami rzeźby romańskiej. Głównym architektem Cluny III był zakonnik Gunzo a jego pomocnikiem Hèzelon (Gunzo był muzykiem a Hèzelon nazywany był matematykiem). Kościół ten wywarł ogromny wpływ na architekturę romańską, szczególnie w Burgundii (Paray-le-Monial, Autun) i w Niemczech.