Żyto stało się rośliną uprawną stosunkowo niedawno, znacznie później niż pszenica czy jęczmień. Za ojczyznę żyta uważa się Azję Środkową (od Anatolii po Turkiestan), gdzie nawet obecnie rosną dziko różne formy tej rośliny, filogenetycznie nieodbiegające od form uprawnych. Aktualnie żyto występuje tam jako chwast w zasiewach pszenicy, a jego udział wyraźnie wzrasta w warunkach mniej sprzyjających uprawie pszenicy, zwłaszcza w terenach górzystych.
Jako chwast pszenicy i jęczmienia żyto rozprzestrzeniło się także w Europie. W miarę pogarszania się warunków uprawy (surowy klimat, słabe gleby) stopniowo wypierało te gatunki. Jest przykładem wtórnej rośliny uprawnej, która powstała w wyniku naturalnej selekcji z chwastu towarzyszącego uprawom roślin pierwotnych. Na terenie Europy Północnej i Środkowej uprawa żyta rozpoczęła się dopiero po roku 1000 p.n.e. Na ziemiach polskich w masowej uprawie pojawiło się jeszcze później, przypuszczalnie dopiero na początku tzw. okresu rzymskiego. W okresie wczesnopiastowskim oprócz pszenicy, jęczmienia, prosa i owsa powszechnie uprawiano również żyto ozime. Żyto jest typową rośliną europejską i zarazem polską. Zajmuje ono znaczne powierzchnie umiarkowanych i chłodnych rejonów, głównie półkuli północnej, i konkuruje z pszenicą ze względów glebowych i klimatycznych. W gospodarce światowej znaczenie żyta stale się zmniejsza. Tylko w Europie Środkowej i Wschodniej nadal pozostaje znaczącym zbożem chlebowym.
Najczęściej uważa się, że żyto uprawne może wywodzić się bezpośrednio od Secale montanum — powstało w wyniku jego cytogenetycznego i morfologicznego zróżnicowania. Istnieje też przypuszczenie, że Secale cereale pochodzi od formy Secale segetale, będącej chwastem polowym. Badania morfologiczne, ekologiczne i cytologiczne sugerują natomiast, że jest wynikiem introgresywnego krzyżowania Secale vavilovi z Secale montanum.