Uniwersytet Wileński jest trzecim najstarszym uniwersytetem na ziemiach Rzeczypospolitej Obojga Narodów, najstarszym uniwersytetem w Europie Wschodniej, a obecnie największym uniwersytetem litewskim.
Początki Uniwersytetu Wileńskiego sięgają 1570 roku, kiedy to staraniem biskupa wileńskiego Waleriana Protasewicza utworzono przy kościele św. Janów Kolegium Jezuickie. W 1579 roku król Stefan Batory przeznaczył środki na przekształcenie Kolegium w Akademię i Uniwersytet Wileński Towarzystwa Jezusowego (łac. Akademia et Universitas Vilensis Societatis Jesu). W tym samym roku papież Grzegorz XIII zatwierdził bullą ustanowienie tejże uczelni.
Oficjalnym językiem była łacina, a wykładowcy pochodzili z różnych części Europy. Rektorem został Piotr Skarga Powęski. Do najbardziej znanych uczonych związanych z jezuickim okresem uczelni należą m.in. Maciej Kazimierz Sarbiewski, SI - poeta piszący po łacinie i polsku, Wojciech Wijuk Kojałowicz - polski teolog, który jest autorem pierwszej "Historii Litwy", Marcin Śmiglecki - autor popularnego w całej Europie podręcznika logiki, wykorzystywanego m.in. na uniwersytecie w Oksfordzie. Akademia Wileńska stała się ważnym ośrodkiem kontrreformacji w Wielkim Księstwie Litewskim. Jej wykładowcami byli m.in. Piotr Skarga i Jakub Wujek - pierwsi rektorzy, Marcin Laterna, Mikołaj Łęczycki, Franciszek Bohomolec, Adam Naruszewicz, Marcin Poczobutt-Odlanicki.
Początkowo funkcjonowały dwa wydziały: teologiczny (bez prawa kanonicznego) z literaturą rzymską i grecką, oraz filozoficzny z logiką, dialektyką i retoryką. Z czasem zakres nauczania poszerzono o ufundowane przez kanclerza Kazimierza Sapiehę wydziały prawa kanonicznego i cywilnego. Biblioteka uniwersytecka powstała dzięki wsparciu kanclerza Sapiehy, króla Zygmunta Augusta i biskupa Protasiewicza. Ofiarowany przez nich księgozbiór liczący 3 tysiące tomów stworzyły „Bibliothecae Sapiehana”. Drukarnię ufundował Mikołaj Radziwiłł.
W 1641 roku otwarto wydział medyczny, nie cieszący się jednak większym zainteresowaniem. W 1753 r. twórcą i organizatorem nowo otwartego obserwatorium astronomicznego i utworzonego przy nim wydziału fizyki i astronomii stał się Tomasz Żebrowski, po jego śmierci pieczę tą objął Marcin Poczobutt-Odlanicki .
Po kasacie zakonu jezuitów w 1773 r. Akademia została przejęta i zreformowana na uczelnię świecką przez Komisję Edukacji Narodowej; otrzymała wówczas nazwą "Szkoły Głównej Litewskiej" (analogicznie Uniwersytet Jagielloński został "Szkołą Główną Koronną"); podporządkowano jej szkoły wojewódzkie.
Jednym z elementów reformy było rozpoczęcie wykładania po polsku i litewsku na niektórych wydziałach (literatury i historii Polski i Litwy, nauk przyrodniczych i matematycznych). W okresie tym uczelnia nadal posiadała, oficjalnie tradycyjną, łacińską nazwę "Academia et Universitas Vilnensis" - z której usunięto tylko słowa "Societatis Jesu". Zaczęto ją jednak coraz częściej nazywać w tym okresie Uniwersytetem, a nie Akademią. W okresie od reformy Komisji Edukacji Narodowej do rozbiorów Rzeczypospolitej, uczelnia ta przeżyła krótki okres ponownego rozkwitu. Był to okres znacznego wzrostu rangi uczelni, rozszerzenia zakresu nauk matematyczno-przyrodniczych, humanistycznych i wysokiego poziomu wydziału medycznego.
Po rozbiorach, uczelnia utraciła na krótko status szkoły wyższej, stając się "Powszechną Szkołą Wileńską", jednakże w 1803 r. odzyskała swój status i za zgodą cara Aleksandra I funkcjonowała pod nazwą Imperatorskiego Uniwersytetu Wileńskiego, czyli „Cesarskiego Uniwersytetu w Wilnie”. Zgodnie z koncepcją Czartoryskiego, uniwersytet zachował postępowe zasady nauczania nadane przez Komisję Edukacji Narodowej. Samo otwarcie nowego Uniwersytetu nastąpiło uroczyście 9 IX 1803 r. Wprowadzono po raz pierwszy togi oraz mundury profesorskie; ustanowiono godła wydziałowe. Uniwersytet podzielony został na cztery wydziały: 1) fizyczno-matematyczny, 2) lekarski, 3) nauk moralnych i politycznych, 4) literatury i sztuk pięknych. Pierwszy ze wspomnianych wydziałów, najlepiej wyposażony, obejmował też chemię i mineralogię. Wydział lekarski był w upadku; dawał się odczuwać brak wykształconych profesorów. Wydział nauk moralnych i politycznych obejmował prawo, teologię oraz historię i filozofię. Wydział filologiczny objął literaturę i sztuki piękne - uczono w nim poezji i wymowy, mającej charakter estetyczny; kształcono literatów, wyrabiano gust i smak przez poznanie literatury klasycznej i nowożytnej oraz sztukę. Dlatego dołączono do niego katedrę malarstwa. W obawie przed zupełnym wynarodowieniem kadry naukowej, której większość pochodziła z zagranicy, wysyłano na studia zagraniczne wileńskich absolwentów, którzy po powrocie mieli wykładać na Uniwersytecie. Posiadał silną niezależność finansową związaną z przejęciem majątków jezuickich przez Wileński Okręg Naukowy, instytucję nadrzędną uniwersytetu.
W okresie aż do powstania listopadowego uczelnia przeżyła kolejny, krótki okres świetności i była najsilniejszą pod względem naukowym uczelnią polską. Do najbardziej znanych uczonych tego okresu związanych z Uniwersytetem należą: Wawrzyniec Gucewicz, Jan Śniadecki, Jędrzej Śniadecki, Hieronim Stroynowski, Franciszek Narwojsz, Joachim Lelewel, Michał Oczapowski, Szymon Dowkont i Joseph Frank - syn Johanna. W okresie tym na uczelni studiowało też dwóch najbardziej znanych polskich poetów romantycznych: Adam Mickiewicz i Juliusz Słowacki. Wkrótce na uniwersytecie rozpoczął się ruch Filomatów (1817-1823) i Filaretów (1820-1823), zakończony procesami w 1823 roku i represjami. Uniwersytet chylił się ku upadkowi. Po stłumieniu powstania listopadowego car Mikołaj I nakazał całkowitą likwidację uczelni, jako karę za udział wielu uczonych i studentów w powstaniu. Większość majątku zlikwidowanego uniwersytetu przeznaczono na uposażenie powołanego w 1834 Uniwersytetu Kijowskiego. Po zamknięciu uniwersytetu zostawiono dwie szczątkowe akademie:
„Akademia Medyko-Chirurgiczna” i „Akademia Teologiczna” (1832-1842).
Obie akademie zamknięto w 1842 roku. Po odzyskaniu niepodległości, w roku 1919, otwarto uniwersytet jako „Uniwersytet Stefana Batorego”. Językiem wykładowym w okresie międzywojennym był język polski. Otwarto sześć wydziałów - humanistyczny, teologiczny, prawa i nauk społecznych, sztuk pięknych, matematyczno-przyrodniczy. Jednym z najlepszych wydziałów była filologia polska, w cieniu której powstała grupa poetycka Żagary, do której m.in. należał Teodor Bujnicki i Czesław Miłosz. Na wydziale historii kształcił się wówczas Paweł Jasienica, a wykładali m.in. Feliks Koneczny, Henryk Elzenberg, Stanisław Pigoń, Marian Zdziechowski.
Po 17 września 1939 r. Wilno zostaje zajęte przez wojska rosyjskie, a miasto wraz z uczelnią na krótko przyłączone do Republiki Litewskiej. Wprowadzono po raz pierwszy jako oficjalny język wykładowy język litewski, choć z braku własnych kadr pozostawiono na stanowiskach wielu polskich profesorów, którzy prowadzili zajęcia nadal po polsku. 15 grudnia 1939 r. uczelnia została zlikwidowana przez władze sowieckie. Wydziały Prawa i Nauk Społecznych, Medycyny, Humanistyczny i Matematyczno-Przyrodniczy działały w podziemiu.
Jesienią 1944 wznowiono działalność. Uczelnia stała się prowincjonalnym uniwersytetem, z językiem wykładowym rosyjskim i nielicznymi wykładami po litewsku (głównie na wydziale filologii litewskiej).
W 1945 r. polskim profesorom i studentom dawnego Uniwersytetu Stefana Batorego nie pozwolono nauczać na swojej macierzystej wileńskiej uczelni. Wilno znalazło się w granicach Związku Sowieckiego. W 1955 roku nadano uniwersytetowi imię komunisty, Vincasa Kapsukasa.
Kilku profesorów i docentów dawnego Uniwersytetu znalazło się na obczyźnie. Znakomita większość ocalałej kadry naukowej, administracja i studenci przymusowo wysiedleni z ojczystej ziemi, trafili do Torunia, gdzie powstawał nowy uniwersytet. Do Torunia przyjechali m.in. rektor Władysław Dziewulski i prorektor Tadeusz Czeżowski oraz profesorowie: Jan Prüffer, Henryk Elzenberg, Tymon Niesiołowski, Konrad Górski, Jerzy Remer, Wilhelmina Iwanowska, Stefan Srebrny.
Od odzyskaniu przez Litwę niepodległości w 1990 r. uniwersytet nosi nazwę: Vilniaus Universitetas, a oficjalnym językiem wykładowym jest język litewski.
Obecnie rektorem, od 2001 roku, jest Benediktas Juodka.
Od 1991 r. uczelnia jest sygnatariuszem Wielkiej Karty Uniwersytetów Europejskich oraz członkiem kilku europejskich stowarzyszeń i konferencji akademickich, wśród nich The Utrecht Network, zrzeszającego 26 zachodnio- i środkowoeuropejskich uniwersytetów, i European University Association (EUA). Współpracuje z wieloma uniwersytetami, instytucjami naukowymi i centrami badawczymi Europy, obu Ameryk, Azji i Australii.
W roku 2005 studiowało na nim 22 618 studentów, z tego 15 789 w trybie dziennym. W 2009r. w trybie dziennym studiowało 18535 studentów.
Według statystyk z 1 stycznia 2009 roku, na Uniwersytecie Wileńskim pracuje 2944 osób, w tym:
Dr hab. 264
Dr 905
Prof. 200
Docentów 530
Studia doktoranckie robi 731 studentów.
Współczesny Uniwersytet Wileński składa się z dwunastu wydziałów (w tym medyczny), ośmiu samodzielnych instytutów, dziesięciu centrów naukowo-badawczych, najstarszej na Litwie biblioteki, uniwersyteckiego szpitala, obserwatorium astronomicznego, ogrodu botanicznego, centrum komputerowego i kościoła akademickiego pod wezwaniem św. Jana.
Kompleks zabudowań uniwersyteckich zgrupowanych wokół kościoła świętych Janów składa się z wielu obiektów pochodzących z XV-XIX wieku. Wielokrotnie przebudowywany, odbudowywany po pożarach, zmieniany - stanowi prawdziwe wyzwanie dla przechodnia, orientację ułatwiają dziedzińce. Jest ich kilkanaście i każdy z nich posiada nazwę. Połączone są przejściami, bramami, schodkami.
Z XV i XVI wieku pochodzą najstarsze obiekty kompleksu głównego, pozostały z nich tylko fragmenty:
- gotycka sala dwunawowa (z późniejszymi przeróbkami),
- część zabudowy między dziedzińcami Skargi (Wielki) i Sarbiewskiego ze średniowiecznymi skarpami,
- część skrzydła północnego dziedzińca Sarbiewskiego z attyką polską z XVI wieku,
- plebania kościoła świętych Janów ze skarpami i zamurowanym podcieniem arkadowym.
Absolwenci i studenci :
Do 1939r. :
* Juliusz Bardach - polski historyk ustroju i prawa
* Wacław Białkowski - polski urzędnik państwowy, wicewojewoda białostocki, wicewojewoda warszawski
* Stanisław Dobosz - polski nauczyciel i rzemieślnik, poseł na Sejm II RP III kadencji (1930-1935), dyrektor Izby Rzemieślniczej w Łodzi
* Wilhelmina Iwanowska - polska astronom, profesor w Instytucie Astronomii Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu
* Paweł Jasienica - polski pisarz historyczny, eseista
* Zygmunt Kapitaniak - polski prawnik (adwokat i sędzia), działacz polityczny, przewodniczący Zjednoczenia Demokratycznego w czasie II wojny światowe
* Stanisław Kierbedź - polski generał-major, inżynier
* Wiktor Kozłowski - kapitan Wojska Polskiego, powstaniec listopadowy, leśnik
* Eugenia Krassowska-Jodłowska - polska działaczka państwowa, filolog, nauczycielka
* Józef Ignacy Kraszewski - polski pisarz, publicysta, wydawca, historyk, działacz społeczny i polityczny
* Wincenty Kraśko - polski działacz państwowy, prawnik, dziennikarz
* Józef Mackiewicz - polski pisarz i publicysta
* Czesław Miłosz - polski prawnik i dyplomata, poeta, prozaik, eseista
* Adam Mickiewicz - polski poeta, działacz i publicysta polityczny
* Borys Pimonow - rosyjski działacz społeczny i kulturalny w Polsce
* Leonid Pimonow - Wydział Matematyki i Nauk Ścisłych
* Stefan Rosiak - polski historyk, archiwista, działacz krajoznawczy szczególnie w zakresie ochrony zabytków
* Stanisław Sadowski - polski lekarz chirurg i działacz społeczny
* Napoleon Siemaszko - polski polityk narodowej demokracji
* Juliusz Słowacki - polski poeta doby romantyzmu, jeden z najwybitniejszych obok Mickiewicz
* Jan Kanty Steczkowski - polski ekonomista, prawnik, polityk, minister skarbu
* Witold Wenclik - polski sędzia i adwokat, samorządowiec
* Jerzy Wiszniewski - polski prawnik, profesor zwyczajny, specjalizujący się w prawie finansowym i gospodarczym
Po 1939r. :
* Danutė Budreikaitė - litewska polityk, ekonomistka, poseł do Parlamentu Europejskiego
* Mindaugas Butkus - litewski dyplomata, od 2009 ambasador Litwy w Niemczech
* Irena Degutienė - litewska polityk, lekarz, obecnie przewodnicząca Sejmu
* Evaldas Ignatavičius - litewski dyplomata
* Deividas Matulionis - litewski ekonomista, dyplomata, urzędnik państwowy
* Violeta Motulaitė - litewska historyk i dyplomatka
* Petras Zapolskas - litewski dyplomata
Doktorzy honoris causa Uniwersytetu Wileńskiego:
* 1979
o Jan Safarewicz
o Zdenek Češka
o Werner Scheler
* 1989
o Valdas Adamkus
o Czesław Olech
o Christian Winter
* 1991
o Vaclovas Dargužas (Andreas Hofer)
* 1992
o Edvardas Varnauskas
o Martynas Ycas
* 1994
o Paulius Rabikauskas
o Tomas Remeikis
o William Schmalstieg
o Władimir Toporow (słynny chemik rosyjski)
* 1996
o Václav Havel
* 1997
o Alfred Laubereau
o Nikołaj Bachwałow
o Rainer Eckert
o Juliusz Bardach
* 1998
o Theodor Hellbrugge
o Friedrich Scholz
o Zbigniew Brzeziński
* 1999
o Maria Wasna
o Ludwik Piechnik
o Sven Lars Caspersen
* 2000
o Wolfgang Schmid
o Eduard Liubimskij
o Andrzej Zoll
* 2002
o Dagfinn Moe
o Jurij Stepanow
o Ernst Ribbat
* 2004
o Sven Ekdahl
o Peter Ulrich Sauer
o Peter Gilles
o Francis Robicsek
* 2005
o Aleksander Kwaśniewski
o Władimir P. Skulaczew
o Vassilios Skouris
o Pietro Umberto Dini
* 2006
o Jacques Rogge
o Gunnar Kulldorff
* 2007
o Reinhardt Bittner
o Wojciech Smoczyński