Jako oficer sztabu księcia Poniatowskiego wysyłany był raz po raz z rozkazami do pułków piechoty i baterii pozycyjnej. Gdy ogień na chwilę milkł, sporządzał szkic rozmieszczenia wojsk własnych i nieprzyjaciela. Następnego dnia, po bitwie, liczył zabitych, szukał kolegów. Krwawy był bój pod Borodino w dniu 7 września okupiony olbrzymimi wprost stratami. Wielka armia miała 28 000 zabitych i rannych. Kołaczkowski napisał później w swym pamiętniku:
„Najstarsi wojskowi nie pamiętali w tak krótkim czasie i na tak małej przestrzeni aż tak wielkiego pogromu, a nawet bitwa pod Ellau (Iława Pruska — przyp', autora) w żadne z nią nie może iść porównanie. Bitwa pod Borodino za najkrwawszą od czasu wynalezienia prochu uważaną być może...”
Korpus polski stracił 1900 zabitych i rannych. Duże straty poniosły również polskie pułki rozsiane w innych korpusach Wielkiej Armii. Ogółem poległo bądź odniosło rany 220 oficerów polskich. Już 8 września Wielka Armia ruszyła w dalszą drogę w kierunku Moskwy.
Wódz rosyjski Michał Kutuzow stale się cofał. Nie zamierzał staczać walnej bitwy.
14 września 1812 roku o świcie armia napoleońska stanęła u wrót Moskwy. Zastała tam tylko płonące domy i puste ulice. Był to początek klęski Napoleona, klęski, która przekreśliła również marzenia Polaków o niepodległości. Pożar miasta trwał kilka dni. Podczas gdy Francuzi szukali wody i pożywienia, oddziały rosyjskie wypadami nękały nadciągające jeszcze stale wojska Napoleona.
Kutuzow, chcąc uśpić czujność Napoleona, wycofał się traktem kałuskim aż za rzekę Narę, pod wieś Tarutino. Czekał na mrozy, które nadeszły szybciej niż można było się ich spodziewać. Żołnierzom polskim i francuskim zaczął dokuczać brak żywności i furażu.
W tym czasie Kołaczkowski został przydzielony jako oficer sztabowy do 35-letniego generała dywizji Lefebre-Desnouttesa.
4 października wziął udział w bitwie, 70 wiorst od Moskwy, w okolicy Czeczerynki; przed każdą bitwą i nazajutrz po niej sporządzał plany, szkice.
Gdy próby rokowań z Aleksandrem I nie dały wyniku, a sytuacja stawała się z każdym dniem cięższa, 18 października Napoleon wydał Wielkiej Armii rozkaz opuszczenia Moskwy.
Teraz dopiero .partyzantka rosyjska zaczęła skutecznie kąsać przeciwnika. Kołaczkowskiemu kozacy porwali służącego, wraz z końmi i furażem.
„Zostałem więc — pisał później — przy jednym tylko podjezdku i odtąd sam myśleć musiałem o żywieniu i opatrywaniu go. Mantelzaki z rzeczami także przepadły; został mi się tylko
35